Die EDK setzt Fachkonferenzen, Kommissionen und Arbeitsgruppen ein.
Die Arbeitsgruppen, Kommissionen und Fachkonferenzen der EDK leisten einen wichtigen Beitrag zur Umsetzung des EDK-Tätigkeitsprogramms. In diesen Fachgremien ist das Know-How aus den kantonalen Verwaltungen sowie aus Bildungsforschung und Bildungspraxis vertreten.
Der Vollzug der Finanzierungs- und Freizügigkeitsvereinbarungen wird von regierungsrätlich zusammengesetzten Kommissionen vorgenommen.
Für die Verfahren zur Anerkennung von Diplomen sind verschiedene Anerkennungskommissionen zuständig. Sie stellen Antrag an den EDK-Vorstand, welcher über die Anerkennung entscheidet.
Die Fachkonferenzen der EDK sind zuständig für die Vollzugskoordination und den fachlichen Austausch. Sie setzen sich zusammen aus den Leiterinnen und Leitern von kantonalen Ämtern (Berufsbildung, Mittelschulen) oder von kantonalen Stellen (Berufs- und Studienberatung) respektive aus den kantonalen Fachverantwortlichen für ein bestimmtes Thema (Weiterbildung, Stipendien, Kulturförderung, Sport).
Ständige Kommissionen beraten die politischen Organe der EDK.
Für die Bearbeitung von EDK-Projekten setzt Generalsekretariat EDK für die Laufdauer des Projektes Arbeitsgruppen ein.
Die EDK und der Bund organisieren ihre Zusammenarbeit im Rahmen der BIZ.