Die EDK beteiligt sich an der internationalen Zusammenarbeit. Sie vertritt die Kantone gegenüber dem Bund und sie bearbeitet Schnittstellen zu anderen Politikbereichen.
Die EDK vertritt die Schweiz in internationalen Organisationen, soweit deren Aktivitäten die Schul- und Kulturhoheit der Kantone betreffen. Dazu gehören die EU, der Europarat, die OECD, die UNESCO und das Bureau International d'Education (BIE) in Genf oder verschiedene Gremien der Frankophonie oder der Rat für deutsche Rechtschreibung.
Einige Schwerpunkte der internationalen Zusammenarbeit sind:
Die EDK pflegt die Zusammenarbeit und den stetigen Austausch mit den Bundesbehörden und der Bundesverwaltung im Bildungsbereich. Sie nimmt die Interessen der Kantone gegenüber dem Bund wahr.
Die Bundesverfassung beauftragt Bund und Kantone, gemeinsam für eine hohe Qualität und Durchlässigkeit des Bildungsraumes Schweiz zu sorgen. Diesem Auftrag kommen der Bund (Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation, SBFI) und die Kantone (durch die EDK) durch eine langjährige und bewährte Zusammenarbeit nach. Die EDK stützt sich für die gemeinsamen Arbeiten auf das Schulkonkordat, der Bund auf das Bildungszusammenarbeitsgesetz (BIZG).
Auf diesen Grundlagen haben Bund und Kantone eine Vereinbarung über die Zusammenarbeit im Bildungsraum Schweiz (ZSAV) abgeschlossen, welche diese Zusammenarbeit konkretisiert. Sie sieht ein Steuerungsorgan vor, bestehend aus dem Vorsteher oder der Vorsteherin des Departements für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF) und dem Präsidium der EDK. Die operative Prozessleitung wird durch ein Mitglied der Direktion des SBFI und den Generalsekretär oder die Generalsekretärin der EDK wahrgenommen. Die Prozessleitung kann Koordinationsausschüsse einsetzen für Themen, bei denen die Zusammenarbeit spezielle Herausforderungen mit sich bringt bzw. in deren Bearbeitung verschiedene Partner einbezogen werden wollen. Dies ist zum heutigen Zeitpunkt für die Themenbereiche Bildungsmonitoring und Digitalisierung in der Bildung vorgesehen.
Bei Querschnittsthemen (Migration, Tagesstrukturen, Gesundheit, frühe Förderung, weitere) arbeitet die EDK mit den verschiedenen Regierungs- und Direktorenkonferenzen zusammen, die im Haus der Kantone ansässig sind.